Межрегиональная общественная организация «Центр содействия международной защите» была создана в декабре 1994 года и официально зарегистрирована в Минюсте России 12 сентября 1995 года как независимая некоммерческая общественная организация, объединяющая профессиональных юристов-правозащитников. С апреля 2015 года Центр стал региональной организацией.

С 1999 года Центр является российским отделением Международной комиссии юристов. В этом качестве он участвует в программах, инициированных МКЮ.

Большое внимание Центр уделяет образовательно-просветительской деятельности. Она направлена на повышение уровня знаний граждан о своих правах, гарантированных Конституцией Российской Федерации, Международным Пактом о гражданских и политических правах, Европейской Конвенцией по защите прав человека и основных свобод, а также другими международно-правовыми документами. Ее целью также является привитие гражданами и юристами практических навыков защиты прав внутри страны и с использованием международно-правовых механизмов. В рамках образовательно-просветительской деятельности Центр регулярно выпускает книги и брошюры, организует круглые столы и семинары, поддерживает работу общественной приемной по защите прав человека. Подготовленное сотрудниками Центра научно-практическое исследование Международная защита прав человека с использованием некоторых международно-правовых механизмов впервые было опубликовано в 2000 году и с тех пор выдержало еще три дополненных издания. С этим и другими изданиями можно ознакомиться на сайте Центра.

В июле 2000 года было вынесено первое решение Комитета по правам человека ООН по делу российского гражданина Дмитрия Гридина. Его представителем был сотрудник Центра адвокат Александр Манов.

Европейский Суд по правам человека в июле 2002 года вынес одно из первых решений по делу российского гражданина Валерия Калашникова, представителем которого была адвокат Каринна Москаленко. Она была первым российским адвокатом, выступившим на публичных слушаниях Европейского Суда, в ходе которых рассматривалось дело.

По состоянию на конец 2016 года, Европейский Суд принял положительные решения по более чем 350 делам, которые представляли адвокаты и юристы Центра. Это составляет около 16 процентов всех дел российских граждан, рассмотренных в их пользу Европейским Судом. В производстве Европейского Суда находится сейчас свыше 250 дел Центра.

С конца 2012 года в связи с принятием "закона об иностранных агентах" было принято принципиальное решение о полном прекращении получения финансирования от иностранных фондов, которое соблюдается и по сей день.

Основателем Центра, Председателем общего собрания, его ведущим экспертом и руководителем проектов является адвокат Каринна Акоповна Москаленко. В 2003 году она была избрана комиссаром Международной комиссии юристов, с 2009 года – член Исполкома МКЮ.

Директором Центра с 2006 по январь 2016 года являлась Оксана Владимировна Преображенская.

В январе 2016 года директором Центра избрана Екатерина Викторовна Ефремова. Заместителем директора/исполнительным менеджером с 2005 года работает Валентин Иванович Моисеев.